El MUHNA cuenta con exposiciones de carácter permanente, como: “Fósiles Huellas del Tiempo” que exhibe los restos de un ejemplar de Mammuthus columbi con una antigüedad aproximada de 10,000 años, descubierto por el Dr. Víctor Hugo Garduño y estudiantes del Instituto Politécnico en Zaragoza, municipio de Contepec. Asimismo, se cuenta con exposiciones temporales que abordan diversas temáticas, siempre relacionadas con el conocimiento de la biodiversidad y los recursos naturales. Estas actividades se complementan con talleres y otras actividades diseñados para todo el público. Por ejemplo, se cuenta con la ya tradicional exposición "Hongos de los Alrededores de Morelia”, de platillos a base de hongos, concurso de dibujo infantil, conferencias, recorridos ecoturísticos y montaje de las exposiciones gráfica y en fresco de los hongos, aunadas al trabajo de diseño, difusión del evento y colecta.